A mediados de la década de 1990 la situación empeoró radicalmente. Dentro del marco de la gran crisis de refugiados de los Grandes Lagos, el genocidio ruandés provocó una avalancha de refugiados que huían de la guerra reinante en Ruanda y Burundi. La incapacidad de Mobutu de manejar esta crisis, acompañado de la pérdida de apoyo por parte de occidente permitió a sus opositores iniciar una gran campaña en su contra que terminó con su huida y la proclamación por parte del líder rebelde Laurent-Désiré Kabila de la "República Democrática del Congo" en mayo de 1997. Pero los aliados de Kabila pronto se volcaron en su contra y su régimen fue desafiado por una rebelión apoyada por Ruanda y Uganda en agosto de 1998. Tropas de Zimbabue, Angola, Namibia, Chad y Sudán intervinieron para apoyar al nuevo régimen en Kinsasa, iniciándose una devastadora guerra conocida como la "Segunda Guerra del Congo" o Guerra Mundial Africana, el conflicto que más vidas ha costado en el mundo desde el fin de la Segunda Guerra Mundial.
Un cese al fuego fue declarado el 10 de julio de 1999; aún así, la lucha continúa tomando fuerza especialmente en la zona este del país, financiada por los ingresos de la extracción ilegal de minerales como coltan, casiterita y diamante. Kabila fue asesinado en enero de 2001 y su hijo Joseph Kabila fue nombrado Jefe de estado. El nuevo presidente rápidamente comenzó negociaciones para finalizar la guerra y se firmó el Acuerdo de Pretoria, en Sudáfrica, en 2002. A fines de 2003, una frágil paz prevalece desde que se instauró el Gobierno de transición. Kabila nombró cuatro vicepresidentes, dos de los cuales han luchado para expulsarlo desde julio de 2003. Gran parte del este del país sigue siendo inseguro, principalmente por el conflicto de Ituri y las continuas actividades de las Fuerzas Democráticas para la liberación de Ruanda en las provincias de Kivu del Norte y del Sur.
El 30 de julio de 2006 se celebraron en el país las primeras elecciones multipartidistas y libres desde la independencia en 1960. Joseph Kabila obtiene en la primera vuelta el 45% de los votos y su oponente y ex-vicepresidente Jean-Pierre Bemba un 20%. Esto da origen a enfrentamientos entre el 20 al 22 de agosto entre seguidores de los dos candidatos en las calles de la capital, Kinsasa. 16 personas mueren hasta que fuerzas de EUFOR y de la MONUC recuperan el control de las situación. La segunda vuelta de las elecciones se celebra el 29 de octubre y en ella el presidente Kabila consigue ser reelegido.
El coltán sale de las minas a puestos comerciales clave, donde lo adquieren mercaderes extranjeros que lo envían al exterior, principalmente a través de Ruanda. Las empresas con capacidad tecnológica suficiente convierten al coltán en el codiciado tantalio en polvo, para revenderlo después a multinacionales de la tecnología como Nokia, Motorola, Compaq, Sony y demás fabricantes que lo utilizan en teléfonos móviles y otros productos electrónicos.
En 1996, EE.UU. patrocinó una invasión de fuerzas militares de Ruanda y Uganda que ingresaron por el oriente de la RDC. Hacia 1998 tomaron el control y ocuparon las áreas mineras estratégicas. Muy pronto, el ejército ruandés comenzó a hacerse de más de 20 millones de dólares al mes con la minería del coltán. Aunque su precio ha caído, Ruanda mantiene su monopolio de la explotación y comercio del metal de la RDC. Existe una lluvia de informes sobre desenfrenados abusos de los derechos humanos en esa región minera.